A III. és IV. év a doktori képzés második szakasza. Azok a hallgatók, akik sikeresen teljesítették a VI. Előrehaladási Jelentést (Komplex vizsga), folytathatják a TM PhD-képzést. Az előző jelentések minimális követelménye alapján minden hallgatónak legalább egy benyújtott kézirattal kell rendelkeznie, és a legtöbb esetben a második projektnek is előrehaladott fázisban kell lennie.
A hallgatókat különböző előrehaladási csoportokba sorolják:
Graduate csoport – tagjai megkezdhetik a disszertáció írását.
Completed csoport – tagjai további projekteken dolgozhatnak, vagy elkezdhetik a disszertáció írását egészen addig, amíg mindkét cikkük hivatalosan elfogadásra nem kerül.
A PhD-védés két szakaszból áll az alábbiak szerint.
III–IV. ÉV
VII. SZAKASZ – intézményi PhD-védés (helyi intézmény)
VIII. SZAKASZ – központi PhD-védés (CTM)