A Budapesti Honvéd Helyőrségi Kórház 1898-ban épült, kezdetben három pavilonjában 204 ágy állt a betegek rendelkezésére. Az intézmény folyamatos fejlesztéseken ment keresztül, és a második világháború végére már 292 ágyas kórházként működött. A háborút követően Honvéd Repülőkórházként szolgált, majd 1957-ben a Honvédség polgári célokra adta át. Ekkor a IX. kerületi Tanácshoz került, Gyáli úti kórház néven.
Az intézmény 1970-ben vette fel Merényi Gusztáv nevét, ekkor újabb bővítések révén ágyszáma 447-re nőtt. 1977-től a Szent István Kórház részeként működött, később a Dél-pesti Centrumkórházhoz tartozott, majd 2023-ban a Semmelweis Egyetem fennhatósága alá került.
A kórház névadója, Dr. Merényi-Scholtz Gusztáv, a magyarországi repülőorvosi ellátás egyik úttörője volt. 1923-ban őt bízták meg a légügyi hatóság első orvosi feladatainak ellátásával, majd 1928-ban az ő tervei alapján épült az első Repülőorvosi Vizsgáló Intézet. Munkásságának kiemelkedő eredménye az első magassági kamra megalkotása 1938-ban, amely 1953 óta a Merényi Kórház területén található.