Az 1848-49-es forradalom és szabadságharc a kezdeti sikerek után kétségbeesett küzdelemmé vált. A kormány 1848 végén kénytelen volt Debrecenbe áttenni a székhelyét, de az élet az ország többi részén sem állhatott le. Így Egyetemünk jogelődjén a kir. magyar Pesti Tudományegyetem Orvostudományi Karán sem. Igyekeztek folyamatosan tanítani, bár ez komoly nehézségekbe ütközött, a hallgatók és oktatók egy része a honvédségnél teljesített szolgálatot.
Az oktatás folytatására utal az egyetemi Levéltárban fellelhető 1848. december 28-i keltezésÚ levél, amelyben a Vallás és Közoktatásügyi Minisztérium átküldi Debrecenbe az Orvosi Kar igazgatójának és 7 gyógyszerész hallgatójának Kossuth Lajoshoz intézett kérvényét. A hallgatók ideiglenes gyógyszerészi tanfolyam indítását kérik, de legalább azt, hogy a vegytani előadásokon részt vehessenek. Kossuth az előadások hallgatásához hozzájárult, de a tanfolyamot nem indíthatták el.
Egy öt nappal későbbi levélben Stáhly Ignác tábori főorvos közli Balassa János orvoskari igazgatóval, hogy a tanárok kinevezését a hadügyminiszter megerősítette, továbbá, hogy csak súlyos betegek és tisztek kerülhetnek a Jankovics féle kórházba.
Az utolsó közzétett irat ebből az időszakból, szintén Stáhly Ignác levele Balassa Jánoshoz, melyben közli, Havas József királyi biztos engedélyezte, hogy az itt maradt beteg honvédeket továbbra is kezeljék. Stáhly Ignác egészségi állapota miatt nem követte a kormányt Debrecenbe, még abban az évben elhunyt.
Emlékezzünk az aradi vértanukra és azokra az orvosokra is akik a csatatereken vesztették életüket!
