Ungvári Ildikó dolgozik a chipreader-en

Immár a második tanfolyamot szervezte a Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet, hogy bemutassa az érdeklődő szakembereknek, milyen vizsgálatok végezhetők a tavasszal átadott új laboratóriumban. A berendezéseken végrehajtható genomikai vizsgálatokat szolgáltatásként kínálja a prof. dr. Falus András által vezetett intézet az egyetem intézeteinek és külső szervezetek kutatóinak egyaránt.

Márciusban két új laboratóriumot adtak át az egyetemen: az egyikben SNP, vagyis egynukleotidos polimorfizmus-vizsgálatokat végeznek, a másikban, többek között biológiai mintában a gének kifejeződése kutatható. Naponta több millió adat feldolgozására képesek az új berendezések, ez hatalmas, ma még részben kihasználatlan kapacitást jelent, így lehetőség van arra, hogy mások, például gyógyító intézményekben és orvosi egyetemen dolgozó kollégák vagy akár a gyógyszer termékeket előállító gyárak is vizsgálatokat kérjenek. Piacképes díjazás ellenében végzik el a mérést az intézetben, a megrendelő pedig kielemezheti a kapott eredményeket. A laboratórium munkatársai a vizsgálat elvégzése előtt ellenőrzik a génmintát, s ha azt kifogástalan minőségűnek találták, az átvétel pillanatától minden munkafolyamatért ők vállalják a felelősséget. A szolgáltatásokról és árakról teljes körű tájékoztatást találnak az érdeklődők az intézet honlapján (www.dgci.sote.hu).

Microarray Core Facility

Dr. Falus András a tanfolyam kapcsán elmondta, a vártnál jóval többen jelentkeztek arra az ingyenes képzésre, amelyet az intézet hirdetett meg az egyetemen dolgozó szakembereknek a laboratóriumokban folyó munka bemutatására. A résztvevők elméleti tájékoztatást kaptak a genomikai szakterületről, valamint a laborok működésével is megismerkedhettek. Az intézet korábban csupán egy továbbképzésre gondolt, de a nagyszámú jelentkezők miatt már a másodikat tartották októberben, több mint ötven részvevővel.

Az intézetben kialakított Microarray Core Facility a Semmelweis Egyetem kutatócsoportjainak, illetve külső non-profit és profitorientált kutatóhelyeknek kívánja biztosítani a microarray mérési szolgáltatást, csúcstechnológiai berendezései és szakképzett munkatársai segítségével. A laboratórium kialakítása, felszerelése saját erőforrások, GVOP pályázati támogatás és a Kromat Kft. segítségével valósult meg.

A Core Facility egy olyan, minden standard chipre nyitott szolgáltatást ad, amely a hozott mintán nemcsak a kért vizsgálat elvégzését és az eredmény átadását jelenti, hanem a szolgáltatás része az is, hogy a labor munkatársai konzultáció keretében segítséget adnak a kísérlet megtervezésében, és annak eldöntésében, hogy milyen vizsgálatokat és milyen anyagmintán célszerű elvégezni ahhoz, hogy a kutatók által feltett kérdésekre korrekt választ kapjanak. Az intézetben dolgozó kutatók tehát igény esetén segítenek a kutatás megtervezésében, előzetes szakmai konzultációt tartanak, és kísérlettervezési javaslatot is tesznek. A beadott anyag minőségellenőrzését követően kerül sor a chipmérésre, majd egy számítógépes elemzéssel a normalizált adatokat kapja meg a megrendelő. Ezután lehetőség van további informatikai elemzések elkészítésére.

A laboratórium szolgáltatásai:

1. Előkészítő műveletek (egyedi megállapodás alapján rezsióradíj fejében):
   • Kísérlettervezési konzultáció (minták, kontrollok, dual vs. single color, stb.)
   • Nukleinsav izolálási tanácsadás.
2. Expressziós Core Facility műveletek (árlista alapján):
   1. RNS integritás és tisztaság minőségellenőrzése
   2. Expressziós microarray vizsgálat: lineáris amplifikáció+jelölés+hibridizáció+leolvasás
   3. Képpontelemzés (Feature Extraction Software): a mérési adatok normalizálása.
3. Egyéb microarray alkalmazások: CHIP-on-Chip, Comparative Genome Hybridization (CGH).
4. A mérési eredmények bioinformatikai elemzése a felhasználó feladata. A core facility bioinformatikai szolgáltatása GeneSpring illetve Rosetta Luminátor szoftverekkel rezsióradíj fejében, egyedi megállapodás alapján, a core facility szabad kapacitása terhére lehetséges.

SNP Core Facility

A genomiális SNP Core Facility szintén az egyetem kutatócsoportjai, a Richter Gedeon Zrt., illetve külső non-profit és profitorientált kutatóhelyek számára biztosít single nucleotide polymorphism (SNP) mérési szolgáltatást, csúcstechnológiai berendezései és szakképzett munkatársai segítségével. Az SNP laboratórium a Richter Gedeon Vegyészeti Gyár és az egyetem közötti megállapodás keretében jött létre.

A laboratórium szolgáltatásai:

1. Előkészítő műveletek: kísérlettervezési konzultáció (egyedi megállapodás alapján rezsióradíj fejében):
   • A megoldani kívánt probléma megbeszélése, lehetőségek tisztázása
   • SNP-k keresése adatbankokban. Általában a megrendelő feladata, de ez a bioinformatikai szolgáltatás rezsióradíj fejében, egyedi megállapodás alapján, a core facility szabad kapacitása terhére lehetséges.
2. Core Facility műveletek (árlista alapján):
   • A megrendelő által, megfelelő formátumban elektronikusan beküldött szekvenciák minőségellenőrzése, multiplex PCR primerek tervezése, megrendelése
   • A beküldött DNS minta minőségellenőrzése
   • 12 vagy 48 plex PCR; a termék tisztítása
   • SNP specifikus primer hosszabbítás
   • Az SNPware plate aktiválása; a primer hosszabbítás termékének átvitele az SNPware plate-re; hibridizáció; mosás
   • Leolvasás az SNPstream Imager készülékkel.
   • Automata adatelemzés manuális minőségellenőrzéssel az SNPstream szoftver segítségével
   • A genotípus jelentés elkészítése.
3. A mérési eredmények bioinformatikai elemzése a felhasználó feladata.

Tolnai Kata – Pap Melinda