{"id":566,"date":"2005-09-19T16:34:33","date_gmt":"2005-09-19T15:34:33","guid":{"rendered":"http:\/\/semmelweis.hu\/?p=566"},"modified":"2025-10-17T15:39:52","modified_gmt":"2025-10-17T13:39:52","slug":"bioinformatika","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/2005\/09\/19\/bioinformatika\/","title":{"rendered":"BIOINFORMATIKA"},"content":{"rendered":"<p><span style=\"font-family: monospace;font-size: 13px\">Szeretnenk felhivni figyelmet, hogy csutortok delutanonkent<br \/>\n(4.30-6.00) a Nagyvarad teri Elmeleti Tomb barna termeben BIOINFORMATIKA<br \/>\nkurzus kezdodott, dr. Mikl\u00f3s Istvan (ELTE) eloadasaban, ennek<br \/>\ntematikajat is mellekeljuk.<\/p>\n<p>Minden erdeklodot szeretettel varunk az eloadasokra, kerjuk, ha<br \/>\nismerose, kollegaja szemelyes email uzenetet kivan kapni, adja meg email<br \/>\ncimet. Ha valaki nem kivan ezentul ertesitest kapni, ezt is kerjuk<br \/>\njelezze.<\/p>\n<p>Barati udvozlettel<\/p>\n<p>Dr. Falus Andras<br \/>\negyetemi tanar<\/p>\n<p>es a Semmelweis Egyetem AOK Tudomanyos Bizottsaga<\/p>\n<p><!--more--><\/span><span style=\"font-family: verdana,sans-serif;font-size: 11px\">BIOINFORMATIKA \u00c9S GENOM ELEMZ\u00c9S AZ ORVOSTUDOM\u00c1NYBAN http:\/\/ramet.elte.hu\/~miklosi\/Bioinformatika\/2005SOTE\/ 2005. szeptember 14-t\u0151l hetente cs\u00fct\u00f6rt\u00f6k 4.30-6.00, NET Barnaterem 1. Bevezet\u00e9s A bioinformatika t\u00f6rt\u00e9nete. A bioinformatika t\u00e1rgya, alkalmaz\u00e1si ter\u00fcletei ma. Genom projektek. Trendek. A bioinformatikai gondolkod\u00e1s: komparat\u00edv bioinformatika, evol\u00faci\u00f3biol\u00f3giai elm\u00e9letek a bioinformatik\u00e1ban. 2. Inform\u00e1ci\u00f3keres\u00e9s az adatb\u00e1zisokban I. Keres\u00e9s az adatb\u00e1zisok annot\u00e1ci\u00f3iban. Integr\u00e1lt inform\u00e1ci\u00f3keres\u00e9s: NCBI?Entrez. Integr\u00e1lt keres\u00e9s a genom-projektek eredm\u00e9nyeiben. Genom-b\u00f6ng\u00e9sz\u0151k: Ensembl, UCSC. 3. Inform\u00e1ci\u00f3keres\u00e9s az adatb\u00e1zisokban II. Genebank flatfile form\u00e1tum, fasta, gtf form\u00e1tum. A web programoz\u00e1si nyelveinek \u00e9s metanyelveinek (HTML, XML, CGI, PHP) bemutat\u00e1sa. Adatb\u00e1ny\u00e1sz\u00e1s. 4. Szekvencia-\u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1sok P\u00e1ronk\u00e9nti \u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1sok: ?dot-plot?. Pontoz\u00e1si m\u00f3dszerek, helyettes\u00edt\u00e9si m\u00e1trixok. H\u00e9zagok pontoz\u00e1sa. Lok\u00e1lis vs. glob\u00e1lis illeszt\u00e9s. A t\u00f6bbsz\u00f6r\u00f6s szekvenciailleszt\u00e9s filoz\u00f3fi\u00e1ja. N\u00e9pszer\u00da szekvenciailleszt\u0151 programok. Szekven\u00e1l\u00e1si adatok kezel\u00e9se, ellen\u0151rz\u00e9se. Kontigok \u00f6ssze\u00e1ll\u00edt\u00e1sa. Restrikci\u00f3s endonukle\u00e1z has\u00edt\u00f3helyek keres\u00e9se. Primertervez\u00e9s. \u00daj szekvencia elhelyez\u00e9se az els\u0151dleges adatb\u00e1zisban. 5. Hasonl\u00f3s\u00e1gi keres\u00e9sek szekvencia-adatb\u00e1zisokban Keres\u00e9s lok\u00e1lis illeszt\u00e9si algoritmusokkal: webes implement\u00e1ci\u00f3k. A BLAST programcsal\u00e1d. Rejtett Markov modellek, a Pfam adatb\u00e1zis. T\u00e1voli feh\u00e9rjeszekvencia-hasonl\u00f3s\u00e1gok kimutat\u00e1sa. Hasonl\u00f3s\u00e1gi keres\u0151k \u00f6szehasonl\u00edt\u00e1sa. A fals pozit\u00edv tal\u00e1latok okai \u00e9s kisz\u00dar\u00e9s\u00fck, repetit\u00edv szekvenci\u00e1k, vektorszennyez\u00e9s. 6.. Molekul\u00e1ris filogenetikai elemz\u00e9sek A filogenetikai elemz\u00e9s \u00e1ttekint\u00e9se: filogenetikai szign\u00e1l, filogenetikai f\u00e1k. Evol\u00faci\u00f3s v\u00e1ltoz\u00e1sok, t\u00e1vols\u00e1gok becsl\u00e9se: szubsztit\u00faci\u00f3s modellek (aminosav \u00e9s nukleotid). A filogenetikai rekonstrukci\u00f3 m\u00f3dszerei: parszim\u00f3nia, Maximum likelihood, Bayes-statisztika. Patog\u00e9nek evol\u00faci\u00f3ja. 7. SNP Vari\u00e1ci\u00f3k a hum\u00e1n genomban: egyedi nukleotid polimorfizmus (SNP), elm\u00e9let (koaleszcens, rekombin\u00e1ci\u00f3s gr\u00e1fok, pedigr\u00e9-elemz\u00e9sek), m\u00f3dszer, orvosbiol\u00f3giai alkalmaz\u00e1s. 8. Strukt\u00far\u00e1k predikci\u00f3ja biol\u00f3giai szekvenci\u00e1kban Ab initio \u00e9s komparat\u00edv predikci\u00f3k. Funkcion\u00e1lis helyek, r\u00e9gi\u00f3k detekt\u00e1l\u00e1sa a DNS-ben. K\u00f3dol\u00f3 r\u00e9gi\u00f3k, exon?intron hat\u00e1rok predikci\u00f3ja. Alternat\u00edv splicing. Feh\u00e9rjecsal\u00e1d, -dom\u00e9n, funkcion\u00e1lis hely adatb\u00e1zisok \u00e9s az azokban val\u00f3 homol\u00f3giakeres\u00e9s. Funkcion\u00e1lis predikci\u00f3. Feh\u00e9rj\u00e9k t\u00e9rszerkezet\u00e9nek homol\u00f3gia-modellez\u00e9se. Molekula mechanikai\/dinamikai m\u00f3dszerek. Gy\u00f3gyszertervez\u00e9s a feh\u00e9rj\u00e9k t\u00e9rszerkezet\u00e9nek ismeret\u00e9ben. 9. Genom szint\u00da mut\u00e1ci\u00f3k A hum\u00e1n genom szerkezete. Duplik\u00e1ci\u00f3k, g\u00e9nveszt\u00e9sek. Genom\u00e1trendez\u0151d\u00e9sek \u00e1br\u00e1zol\u00e1sa dot-plottal \u00e9s t\u00f6r\u00e9spontgr\u00e1ffal. End Sequence Profiling (ESP). Orvosbiol\u00f3giai alkalmaz\u00e1s: human cancer genome projectek. 10. H\u00e1l\u00f3zatok Biok\u00e9miai h\u00e1l\u00f3zatok. Regul\u00e1ris h\u00e1l\u00f3zatok. Feh\u00e9rjeinterakci\u00f3s t\u00e9rk\u00e9pek. Gy\u00f3gyszertargetek tervez\u00e9se h\u00e1l\u00f3zatok alapj\u00e1n. 11. G\u00e9nexpresszi\u00f3s elemz\u00e9sek. Proteomika EST projektek, EST klaszterez\u00e9s. DNS-chip adatok klaszteranal\u00edzise. Feh\u00e9rjeazonos\u00edt\u00e1s: 2D g\u00e9lelektrofor\u00e9zis, t\u00f6megspektrometriai eredm\u00e9nyek \u00e9rt\u00e9kel\u00e9se. 12. Betegs\u00e9gg\u00e9nek. \u00daj emberi ?jel\u00f6lt?g\u00e9nek azonos\u00edt\u00e1sa, \u00faj gy\u00f3gyszertargetek kiv\u00e1laszt\u00e1sa 13. Pathog\u00e9nek azonos\u00edt\u00e1sa, mikrobiol\u00f3giai adatelemz\u00e9s 14. Genetikai adat- etikai, jogi aspektusok<\/span><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Szeretnenk felhivni figyelmet, hogy csutortok delutanonkent (4.30-6.00) a Nagyvarad teri Elmeleti Tomb barna termeben BIOINFORMATIKA kurzus kezdodott, dr. Mikl\u00f3s Istvan (ELTE) eloadasaban, ennek tematikajat is mellekeljuk. Minden erdeklodot szeretettel varunk az eloadasokra, kerjuk, ha ismerose, kollegaja szemelyes email uzenetet kivan kapni, adja meg email cimet. Ha valaki nem kivan ezentul ertesitest kapni, ezt is kerjuk &hellip;<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[157],"tags":[149],"class_list":["post-566","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-semmelweis-vilag","tag-meghivo-semmelweis-vilag"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/566","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=566"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/566\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":159125,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/566\/revisions\/159125"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=566"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=566"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/hirek\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=566"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}