Az intézet fő kutatási profilja a speciális növényi anyagcseretermékek közül a fenoloidokra, alkaloidokra és illóolajokra irányul. A természetes vegyületek közül részletesen vizsgáljuk továbbá az anyatej oligoszacharidok szerepét, szerkezetét, kémiai tulajdonságait, a ciklodextrinek és félszintetikus származékaik szerkezetét és analitikai felhasználásának lehetőségeit, illetve a gombák másodlagos anyagcseretermékeit. A természetes vegyületeket korszerű bioanalitikai módszerek segítségével vizsgáljuk: összetételüket tömegspektrometriás, valamint kapcsolt kromatográfiás és elektroforetikus módszerekkel térképezzük fel. Bio-assay irányított elválasztástechnikai módszerekkel történő izolálásukat követően szerkezetvizsgálatot és in vitro hatástani teszteket végzünk. Biotechnológiai laboratóriumunkban optimalizáljuk az in vitro (gyógy)növény-kultúrák speciális anyagcseretermékeinek termeltetését.
Az Intézetben folyó tudományos munka döntően az alábbi kutatócsoportok köré szerveződik:

· Általános analitikai kutatócsoport (vezető: Dr. Béni Szabolcs): Bio-, gyógyszer-, fito- és glikoanalitikai módszerek fejlesztése döntően kromatográfiás, elektroforetikus és NMR-alapú technikák kidolgozása a növényi eredetű természetes vegyületek, a ciklodextrinek és az anyatej oligoszacharidok jellemzésére.

· Fitoanalitikai kutatócsoport (vezető: Dr. Alberti Ágnes): Bioaktív növényi eredetű természetes vegyületek kutatása, kromatográfiás módszerek fejlesztése, növényi kivonatok hatás-vezérelt frakcionálása, az izolált komponensek fizikai-kémiai, farmakodinámiás és farmakokinetikai tulajdonságainak jellemzése. Támogatott pályázat: NKFIH K120342.

· Kemotaxonómia kutatócsoport (vezető: Dr. Boldizsár Imre): A
növényi másodlagos anyagcseretermékek kutatása;
1) azok rendszerezésben való felhasználhatóságának elemzése,
2) rendszertani egységekre jellemző vegyületek/vegyületcsoportok meghatározása,
3) ismert vegyületek új forrásainak azonosítása és
4) új természetes vegyületek kinyerése céljából.
Támogatott pályázat: OTKA NKFIH-K-135712.

· Fitokémiai és biotechnológiai kutatócsoport (vezető: Dr. Kursinszki László): Sejt- és szövettenyésztés, a növényi másodlagos anyagcseretermékek in vitro termeltetése és ennek optimalizálása.

· Illóolaj kutatócsoport (vezető: Dr. Böszörményi Andrea): illóolajok vizsgálata gázkromatográfiás és kapcsolt módszerekkel, az illóolaj-összetétel genetikai meghatározottságának vizsgálata, ilóolajok biológiai hatásának vizsgálata.

· Fitoanalitikai és farmakokinetikai kutatócsoport (vezető: Dr. Riethmüller Eszter): optimális fizikai-kémiai és farmakokinetikai tulajdonságokkal rendelkező diarilheptanoidok feltárása, az izolált vegyületek vízoldhatóságának, stabilitásának, membránpenetrációs képességének vizsgálata. Támogatott pályázat: NKFIH FK125302.

· Mikokémiai kutatócsoport (vezető: Dr. Ványolós Attila): Magyarországon honos makroszkopikus gombák hatástani szűrővizsgálata (tumorsejtek proliferációját gátló, antimikrobiális, antioxidáns hatások), a hatásért felelős vegyületek izolálása kromatográfiás módszerekkel. Támogatott pályázat: NKFIH PD124476.