{"id":9845,"date":"2023-11-07T11:53:43","date_gmt":"2023-11-07T10:53:43","guid":{"rendered":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/?p=9845"},"modified":"2023-11-08T14:45:25","modified_gmt":"2023-11-08T13:45:25","slug":"unitmp-a-transzmembran-feherjek-egyseges-adatbazisa","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/unitmp-a-transzmembran-feherjek-egyseges-adatbazisa\/","title":{"rendered":"UniTmp: a transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k egys\u00e9ges adatb\u00e1zisa"},"content":{"rendered":"<p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-9847 alignleft\" src=\"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/files\/2023\/11\/unitmp1.png\" alt=\"\" width=\"260\" height=\"333\" \/>A transzmembr\u00e1nfeh\u00e9rj\u00e9k egyes\u00edtett adatb\u00e1zisa (UniTmp) a transzmembr\u00e1nfeh\u00e9rj\u00e9k szerkezeti inform\u00e1ci\u00f3inak \u00e1tfog\u00f3 \u00e9s szabadon hozz\u00e1f\u00e9rhet\u0151 forr\u00e1sa k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 szinteken, a feh\u00e9rjeszegmensek lokaliz\u00e1ci\u00f3j\u00e1t\u00f3l a feh\u00e9rje topol\u00f3gi\u00e1j\u00e1n kereszt\u00fcl a membr\u00e1nba \u00e1gyazott 3D szerkezetig. Tansz\u00e9k\u00fcnk munkat\u00e1rsa,<strong> Dr. Tusn\u00e1dy G\u00e1bor<\/strong> vezette kutat\u00f3csoport tagjai nemcsak t\u00f6bb t\u00edzezer \u00faj strukt\u00far\u00e1t \u00e9s k\u00eds\u00e9rletet annot\u00e1ltak, hanem egy \u00faj rendszert is kifejlesztettek, amely p\u00e1rhuzamosan k\u00e9pes kiszolg\u00e1lni ezeket a forr\u00e1sokat. Az UniTmp egy olyan egys\u00e9ges platform, amely egyes\u00edti a TOPDB (Topology Data Bank of Transmembrane Proteins), a TOPDOM (a feh\u00e9rj\u00e9kben tal\u00e1lhat\u00f3 konzervat\u00edv dom\u00e9nek \u00e9s mot\u00edvumok adatb\u00e1zisa), a PDBTM (Protein Data Bank of Transmembrane Proteins) \u00e9s a HTP (Hum\u00e1n Transmembr\u00e1n Prote\u00f3m) adatb\u00e1zisokat, \u00e9s interoperabilit\u00e1st biztos\u00edt a be\u00e9p\u00edtett er\u0151forr\u00e1sok k\u00f6z\u00f6tt, valamint egyszer\u0171 m\u00f3dot a rendszeres friss\u00edt\u00e9s\u00fckh\u00f6z. A jelenlegi friss\u00edt\u00e9s 9235 membr\u00e1nba \u00e1gyazott strukt\u00far\u00e1t, 9088 szekvenci\u00e1t tartalmaz 536 035 topol\u00f3giailag annot\u00e1lt szegmenssel \u00e9s 8692 konzervat\u00edvan lokaliz\u00e1lt feh\u00e9rje dom\u00e9nnel vagy mot\u00edvummal, valamint 5466 annot\u00e1lt hum\u00e1n transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9t. Az UniTmp adatb\u00e1zis a https:\/\/www.unitmp.org c\u00edmen \u00e9rhet\u0151 el. Az adatb\u00e1zisr\u00f3l k\u00e9sz\u00fclt cikk\u00fcnk a Nucleic Acids Research adatb\u00e1zis k\u00fcl\u00f6nsz\u00e1m\u00e1ban jelent meg (<a href=\"https:\/\/doi.org\/10.1093\/nar\/gkad897\">https:\/\/doi.org\/10.1093\/nar\/gkad897<\/a>). Az adatb\u00e1zist k\u00e9t h\u00f3nap alatt t\u00f6bb mint sz\u00e1zezer kutat\u00f3 l\u00e1togatta meg \u00e9s t\u00f6bb, mint 130 ezer adatot t\u00f6lt\u00f6ttek le.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>A transzmembr\u00e1nfeh\u00e9rj\u00e9k egyes\u00edtett adatb\u00e1zisa (UniTmp) a transzmembr\u00e1nfeh\u00e9rj\u00e9k szerkezeti inform\u00e1ci\u00f3inak \u00e1tfog\u00f3 \u00e9s szabadon hozz\u00e1f\u00e9rhet\u0151 forr\u00e1sa k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 szinteken, a feh\u00e9rjeszegmensek lokaliz\u00e1ci\u00f3j\u00e1t\u00f3l a feh\u00e9rje topol\u00f3gi\u00e1j\u00e1n kereszt\u00fcl a membr\u00e1nba \u00e1gyazott 3D szerkezetig. Tansz\u00e9k\u00fcnk munkat\u00e1rsa, Dr. Tusn\u00e1dy G\u00e1bor vezette kutat\u00f3csoport tagjai nemcsak t\u00f6bb t\u00edzezer \u00faj strukt\u00far\u00e1t \u00e9s k\u00eds\u00e9rletet annot\u00e1ltak, hanem egy \u00faj rendszert is kifejlesztettek, amely p\u00e1rhuzamosan k\u00e9pes kiszolg\u00e1lni ezeket &hellip;<\/p>\n","protected":false},"author":102018,"featured_media":9850,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[2],"tags":[],"class_list":["post-9845","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-hirek"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/9845","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/users\/102018"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=9845"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/9845\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":9868,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/9845\/revisions\/9868"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/media\/9850"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=9845"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=9845"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=9845"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}