{"id":9389,"date":"2023-06-23T13:36:40","date_gmt":"2023-06-23T11:36:40","guid":{"rendered":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/?page_id=9389"},"modified":"2023-06-23T13:38:03","modified_gmt":"2023-06-23T11:38:03","slug":"bioinformatikai-fejlesztesek","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/kutatas\/bioinformatikai-fejlesztesek\/","title":{"rendered":"Bioinformatikai Fejleszt\u00e9sek"},"content":{"rendered":"

Kaplan-Meier Plotter: https:\/\/kmplot.com\/analysis\/<\/a><\/p>\n

Mi az a KM Plotter?\"Kaplan_Meier_cancer_analyzer\"<\/h2>\n

A Kaplan Meier plotter k\u00e9pes 30k g\u00e9n (mRNS, miRNS, feh\u00e9rje) expresszi\u00f3ja \u00e9s a t\u00fal\u00e9l\u00e9s k\u00f6z\u00f6tti korrel\u00e1ci\u00f3 \u00e9rt\u00e9kel\u00e9s\u00e9re 21 tumort\u00edpusb\u00f3l sz\u00e1rmaz\u00f3 25k+ mint\u00e1ban, bele\u00e9rtve az eml\u0151-, petef\u00e9szek-, t\u00fcd\u0151- \u00e9s gyomorr\u00e1kot. Az adatb\u00e1zisok forr\u00e1sai k\u00f6z\u00f6tt szerepel a GEO, az EGA \u00e9s a TCGA. Az eszk\u00f6z els\u0151dleges c\u00e9lja a t\u00fal\u00e9l\u00e9si biomarkerek metaanal\u00edzisen alapul\u00f3 felfedez\u00e9se \u00e9s valid\u00e1l\u00e1sa.<\/p>\n

Kattintson \u00e9s kapcsolja \u00f6ssze a g\u00e9nexpresszi\u00f3t a su rvival biomarkerek metaanal\u00edzis alap\u00fa felfedez\u00e9s\u00e9vel \u00e9s valid\u00e1l\u00e1s\u00e1val!<\/p>\n

 <\/p>\n

ROC Plotter – Online ROC analysis: http:\/\/www.rocplot.org\/<\/a><\/p>\n

Mi az a ROC Plotter? \"Roc<\/strong><\/h2>\n

A ROC plotter k\u00e9pes \u00f6sszekapcsolni a g\u00e9nexpresszi\u00f3t \u00e9s a ter\u00e1pi\u00e1ra adott v\u00e1laszt 3104 eml\u0151r\u00e1kos \u00e9s 2369 petef\u00e9szekr\u00e1kos beteg transzkriptom szint\u0171 adatainak felhaszn\u00e1l\u00e1s\u00e1val.<\/p>\n

Kattintson \u00e9s kapcsolja \u00f6ssze a g\u00e9nexpresszi\u00f3t a ter\u00e1pia hat\u00e9konys\u00e1g\u00e1val a Roc Plot r\u00e1kelemz\u00e9s seg\u00edts\u00e9g\u00e9vel!<\/p>\n

 <\/p>\n

Scientometrics of Hungarian researchers: https:\/\/scientometrics.org\/<\/a><\/p>\n

Mi\u00e9rt hozt\u00e1k l\u00e9tre a scientometrics.org-ot?<\/p>\n

A SCImago publik\u00e1ci\u00f3s teljes\u00edtm\u00e9nyre vonatkoz\u00f3 orsz\u00e1grangsor-indexe szerint Magyarorsz\u00e1g h\u00fasz \u00e9v alatt a 32. helyr\u0151l az 50. helyre esett vissza. Ennek els\u0151dleges oka a magyar kutat\u00f3k alacsony publik\u00e1ci\u00f3s aktivit\u00e1sa. A scientometrics.org egy nemzeti viszony\u00edt\u00e1si alap l\u00e9trehoz\u00e1s\u00e1val seg\u00edti az \u00e1tl\u00e1that\u00f3s\u00e1g n\u00f6vel\u00e9s\u00e9t. SCImago orsz\u00e1grangsorok 1998 \u00e9s 2020 k\u00f6z\u00f6tt.<\/p>\n

 <\/p>\n

muTarget-connect mutation status to gene expression changes in solid tumours: https:\/\/www.mutarget.com\/<\/a><\/p>\n

Mi az a muTarget?\u00a0<\/h2>\n
A muTarget egy r\u00e1kos biomarker \/ c\u00e9lpont felfedez\u0151 eszk\u00f6z, amelynek k\u00e9t f\u0151 funkci\u00f3ja van<\/h5>\n

\"\"<\/a><\/p>\n

1) A „genot\u00edpus” futtat\u00e1ssal azonos\u00edtani lehet azokat a g\u00e9n(ek)et, amelyek megv\u00e1ltozott expresszi\u00f3t mutatnak a mut\u00e1lt bemeneti g\u00e9nt tartalmaz\u00f3 mint\u00e1kban. Ez a lehet\u0151s\u00e9g hasznos abban az esetben, ha \u00faj gy\u00f3gyszerc\u00e9lpontokat keres\u00fcnk egy adott mut\u00e1ci\u00f3val rendelkez\u0151 betegekb\u0151l \u00e1ll\u00f3 kohorszban.<\/p>\n

2) A „target” futtat\u00e1ssal azonos\u00edtani lehet a bemeneti g\u00e9n expresszi\u00f3j\u00e1nak megv\u00e1ltoz\u00e1s\u00e1t eredm\u00e9nyez\u0151 mut\u00e1ci\u00f3kat. Ez az opci\u00f3 abban az esetben hasznos, ha van egy gy\u00f3gyszerc\u00e9lg\u00e9n\u00fcnk, \u00e9s olyan betegkohorszok eset\u00e9ben van sz\u00f3, amelyekn\u00e9l feld\u00fasult expresszi\u00f3 a k\u00e9rd\u00e9s.<\/p>\n

Kattintson a r\u00e1kelemz\u00e9s elv\u00e9gz\u00e9s\u00e9hez!<\/p>\n

\n

 <\/p>\n

TNMplot: differential gene expression analysis in Tumor, Normal and Metastatic tissues:\u00a0https:\/\/tnmplot.com\/<\/a><\/p>\n

\"TNM<\/p>\n

Mi az a TNMplot?\u00a0<\/h2>\n

TNMplot.com: TNM TNM TNM TNM TNM TNM: A webes eszk\u00f6z a norm\u00e1lis, daganatos \u00e9s \u00e1tt\u00e9tes sz\u00f6vetek g\u00e9nexpresszi\u00f3j\u00e1nak \u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1s\u00e1ra. A TNMplot egy regisztr\u00e1ci\u00f3mentes online elemz\u00e9si port\u00e1l, amely lehet\u0151v\u00e9 teszi az RNA-seq \u00e9s g\u00e9nchip adatok b\u00e1ny\u00e1szat\u00e1t b\u00e1rmely g\u00e9nre vonatkoz\u00f3an, hogy \u00e9rt\u00e9kelni lehessen a norm\u00e1lis, rosszindulat\u00fa \u00e9s metasztatikus mint\u00e1k expresszi\u00f3s k\u00fcl\u00f6nbs\u00e9geit.<\/p>\n

Kattintson a differenci\u00e1lis g\u00e9nexpresszi\u00f3s elemz\u00e9shez tumoros, norm\u00e1l \u00e9s metasztatikus sz\u00f6vetekben!<\/p>\n<\/div>\n

 <\/p>\n

Recurrence Online-Transcriptome Based Breast Cancer Diagnostics: genearray.recurrenceonline.com<\/a><\/p>\n

Mi az a Recurrence Online?<\/h2>\n

\"\"<\/p>\n

\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n

A Recurrence Online k\u00e9pes el\u0151rejelezni a hormon\u00e1lis kezel\u00e9sre adott v\u00e1laszt [ER-st\u00e1tusz], a c\u00e9lzott ter\u00e1pi\u00e1ra adott v\u00e1laszt [HER2-st\u00e1tusz] \u00e9s a t\u00fal\u00e9l\u00e9st [recurrence score] eml\u0151r\u00e1kos betegek eset\u00e9ben, az Affymetrix microarrays \u00e1ltal nyert g\u00e9nexpresszi\u00f3s adatok felhaszn\u00e1l\u00e1s\u00e1val. Min\u0151s\u00e9gellen\u0151rz\u0151 algoritmusok ker\u00fcltek bevezet\u00e9sre a mintafeldolgoz\u00e1ssal, hibridiz\u00e1ci\u00f3val \u00e9s szkennel\u00e9ssel kapcsolatos torz\u00edt\u00e1sok kiz\u00e1r\u00e1s\u00e1ra.<\/p>\n

\n<\/p>\n

 <\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

Multiple Testing Correction: https:\/\/multipletesting.com\/<\/a><\/p>\n

\"\"<\/a><\/p>\n

Mi az a Multipletesting?<\/h2>\n

Eszk\u00f6z az \u00e9lettudom\u00e1nyi kutat\u00f3k sz\u00e1m\u00e1ra a t\u00f6bbsz\u00f6r\u00f6s hipot\u00e9zisvizsg\u00e1lat korrekci\u00f3j\u00e1hoz.<\/p>\n

 <\/p>\n

 <\/p>\n

 <\/p>\n

COVIDOUTCOME – Estimating COVID Severity Based on Mutations in the SARS-CoV-2 Genome:\u00a0https:\/\/covidoutcome.com\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Kaplan-Meier Plotter: https:\/\/kmplot.com\/analysis\/<\/a> Mi az a KM Plotter? A Kaplan Meier plotter k\u00e9pes 30k g\u00e9n (mRNS, miRNS, feh\u00e9rje) expresszi\u00f3ja \u00e9s a t\u00fal\u00e9l\u00e9s k\u00f6z\u00f6tti korrel\u00e1ci\u00f3 \u00e9rt\u00e9kel\u00e9s\u00e9re 21 tumort\u00edpusb\u00f3l sz\u00e1rmaz\u00f3 25k+ mint\u00e1ban, bele\u00e9rtve az eml\u0151-, petef\u00e9szek-, t\u00fcd\u0151- \u00e9s gyomorr\u00e1kot. Az adatb\u00e1zisok forr\u00e1sai k\u00f6z\u00f6tt szerepel a GEO, az EGA \u00e9s a TCGA. Az eszk\u00f6z els\u0151dleges c\u00e9lja a t\u00fal\u00e9l\u00e9si biomarkerek …<\/p>\n","protected":false},"author":102018,"featured_media":0,"parent":6505,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-9389","page","type-page","status-publish","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9389","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/users\/102018"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=9389"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9389\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":9397,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9389\/revisions\/9397"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/6505"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=9389"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=9389"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=9389"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}