{"id":9100,"date":"2023-04-14T15:13:33","date_gmt":"2023-04-14T13:13:33","guid":{"rendered":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/?page_id=9100"},"modified":"2025-01-08T13:57:40","modified_gmt":"2025-01-08T12:57:40","slug":"epigenplot","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/epigenplot\/","title":{"rendered":"EpiGenPlot"},"content":{"rendered":"

\"\" Az EpigenPlot egy metil\u00e1ci\u00f3s adatok \u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1s\u00e1ra alkalmas platform egy \u00e1ltalunk l\u00e9trehozott adatb\u00e1zis alapj\u00e1n. Az adatb\u00e1zis t\u00f6bb tanulm\u00e1ny nyilv\u00e1nosan el\u00e9rhet\u0151 adat\u00e1ra \u00e9p\u00fcl. Az \u00f6sszes tanulm\u00e1ny eset\u00e9n valamelyik Illumina microarray: az Infinium HumanMethylation450K, vagy az Infinium HumanMethylationEPIC platformot alkalmazt\u00e1k \u00e9s kezeletlen szem\u00e9lyek norm\u00e1l \u00e9s\/vagy tumoros sz\u00f6veteit vizsg\u00e1lt\u00e1k. Az EpigenPlot jelenleg vastagb\u00e9lsz\u00f6vetek (norm\u00e1l, adenoma, adenokarcinoma) tanulm\u00e1nyoz\u00e1s\u00e1ra alkalmas 2346 minta alapj\u00e1n.<\/p>\n

Az \u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1s els\u0151sorban g\u00e9n alap\u00fa, nem tartalmazza a genom interg\u00e9nikus r\u00e9gi\u00f3inak vizsg\u00e1lat\u00e1t. N\u00e9gy f\u0151 funkci\u00f3ja van: g\u00e9n, g\u00e9n r\u00e9gi\u00f3 (pl. els\u0151 exon, 5\u2019UTR), CpG (egy g\u00e9nen bel\u00fcl) \u00e9s KEGG-\u00fatvonal szinten lehet elemz\u00e9seket v\u00e9gezni. A felhaszn\u00e1l\u00f3 a vizsg\u00e1land\u00f3 g\u00e9n metil\u00e1ci\u00f3j\u00e1t sz\u00f6vett\u00edpusonk\u00e9nt (norm\u00e1l, tumor) \u00f6sszehasonl\u00edtva, illetve g\u00e9n r\u00e9gi\u00f3kra lebontva \u00e1br\u00e1zolhatja, ami lehet\u0151s\u00e9get ad a lehets\u00e9ges biomarkerek valid\u00e1l\u00e1s\u00e1ra.<\/p>\n

A CpG szint\u0171 elemz\u00e9s eset\u00e9n a g\u00e9n ter\u00fclet\u00e9n vizsg\u00e1lt \u00f6sszes CpG \u00e1br\u00e1zol\u00e1sra ker\u00fcl \u00e9s interakt\u00edv m\u00f3don kiv\u00e1laszthat\u00f3 a megc\u00e9lzand\u00f3 l\u00f3kusz, amir\u0151l \u00edgy t\u00f6bb inform\u00e1ci\u00f3 szerezhet\u0151. Mindemellett ez a funkci\u00f3 alkalmas a CpG szigetek metil\u00e1ci\u00f3j\u00e1nak szeml\u00e9ltet\u00e9s\u00e9re is. Nagy m\u00e9ret\u0171 \u00e9s\/vagy sok CpG l\u00f3kuszt tartalmaz\u00f3 g\u00e9n eset\u00e9n lehet\u0151s\u00e9g van az \u00e1br\u00e1zolt r\u00e9gi\u00f3 lesz\u0171k\u00edt\u00e9s\u00e9re is.<\/span><\/p>\n

A KEGG \u00fatvonal szint\u0171 elemz\u00e9s egy adott \u00fatvonalhoz tartoz\u00f3 tetsz\u0151leges sz\u00e1m\u00fa (n) g\u00e9n \u00e1br\u00e1zol\u00e1s\u00e1ra alkalmas. A g\u00e9nek a metil\u00e1ci\u00f3 v\u00e1ltoz\u00e1s m\u00e9rt\u00e9ke szerint rangsorolva vannak \u00e9s az ennek a sornak megfelel\u0151 els\u0151 n g\u00e9n ker\u00fcl \u00e1br\u00e1zol\u00e1sra. Ezen k\u00edv\u00fcl az \u00fatvonal \u00f6sszes g\u00e9nje megtekinthet\u0151 egy t\u00e1bl\u00e1zatban.<\/p>\n

Minden elemz\u00e9s eset\u00e9n tetsz\u0151leges \u00f6ssze\u00e1ll\u00edt\u00e1s\u00fa adatszett (pl. csak ugyanabb\u00f3l a szem\u00e9lyb\u0151l sz\u00e1rmaz\u00f3 norm\u00e1l-tumor p\u00e1rokat tartalmaz\u00f3), illetve platform (HM450K vagy EPIC) v\u00e1laszthat\u00f3. Terveink szerint az EpigenPlot a j\u00f6v\u0151ben kib\u0151v\u00fcl eml\u0151r\u00e1k adatokkal is.<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

El\u00e9rhet\u0151s\u00e9g: https:\/\/www.epigenplot.com<\/a><\/u><\/span><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Az EpigenPlot egy metil\u00e1ci\u00f3s adatok \u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1s\u00e1ra alkalmas platform egy \u00e1ltalunk l\u00e9trehozott adatb\u00e1zis alapj\u00e1n. Az adatb\u00e1zis t\u00f6bb tanulm\u00e1ny nyilv\u00e1nosan el\u00e9rhet\u0151 adat\u00e1ra \u00e9p\u00fcl. Az \u00f6sszes tanulm\u00e1ny eset\u00e9n valamelyik Illumina microarray: az Infinium HumanMethylation450K, vagy az Infinium HumanMethylationEPIC platformot alkalmazt\u00e1k \u00e9s kezeletlen szem\u00e9lyek norm\u00e1l \u00e9s\/vagy tumoros sz\u00f6veteit vizsg\u00e1lt\u00e1k. Az EpigenPlot jelenleg vastagb\u00e9lsz\u00f6vetek (norm\u00e1l, adenoma, adenokarcinoma) tanulm\u00e1nyoz\u00e1s\u00e1ra alkalmas 2346 …<\/p>\n","protected":false},"author":102018,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-9100","page","type-page","status-publish","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9100","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/users\/102018"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=9100"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9100\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":10765,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9100\/revisions\/10765"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=9100"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=9100"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=9100"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}