{"id":6972,"date":"2020-04-17T11:46:14","date_gmt":"2020-04-17T09:46:14","guid":{"rendered":"http:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/?page_id=6972"},"modified":"2023-07-25T15:21:58","modified_gmt":"2023-07-25T13:21:58","slug":"phd","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/kutatas\/phd\/","title":{"rendered":"\u00daj PhD t\u00e9m\u00e1k"},"content":{"rendered":"

A Bioinformatika Tansz\u00e9ken meghirdetett PhD t\u00e9m\u00e1k<\/strong><\/span><\/p>\n

\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n
Multi-omikai vizsg\u00e1latok onkol\u00f3gi\u00e1ban<\/b><\/p>\n

Egy adott minta eset\u00e9n az omikai adatok k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 szintje \u00e9rhet\u0151 el, mint a genomikai, transzkriptomikai, proteomikai, metabolomikai, stb. adatok. A tudom\u00e1nyos kutat\u00e1sokban ezen szinteket tipikusan egym\u00e1st\u00f3l f\u00fcggetlen\u00fcl vizsg\u00e1lj\u00e1k, pld egy feh\u00e9rje alap\u00fa biomarkert n\u00e9znek egy adott betegs\u00e9gben. A k\u00f3rlefoly\u00e1st jobban meg lehetne \u00e9rteni, illetve hat\u00e9konyabb ter\u00e1pi\u00e1t lehetne kidolgozni, ha az adatok t\u00f6bb szintj\u00e9t tudn\u00e1nk egyszerre elemezni. Az egyes szintek egym\u00e1st befoly\u00e1solhatj\u00e1k, valamint visszacsatol\u00e1sos mechanizmusok is m\u0171k\u00f6dhetnek. A kutat\u00e1s sor\u00e1n az onkol\u00f3gia ter\u00fclet\u00e9n fogunk multi-omikai kutat\u00e1sokat v\u00e9gezni.<\/p><\/div>\n

\u00a0<\/div>\n
A t\u00e9ma alapkutat\u00e1s vagy bioinformatika ir\u00e1nt \u00e9rdekl\u0151d\u0151 hallgat\u00f3k sz\u00e1m\u00e1ra optim\u00e1lis.<\/div>\n
\u00a0<\/div>\n
T\u00e9mavezet\u0151: Prof. Dr. Gy\u0151rffy Bal\u00e1zs<\/a><\/p>\n
\n

\nMono- \u00e9s multig\u00e9nes onkol\u00f3giai biomakerek <\/b><\/p>\n

A rosszindulat\u00fa daganatos betegs\u00e9gek jobb gy\u00f3gy\u00edt\u00e1s\u00e1hoz h\u00e1rom k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 t\u00edpus\u00fa biomarker haszn\u00e1lata ny\u00fajthat seg\u00edts\u00e9get. A diagnosztikai biomarkerek a betegs\u00e9g korai azonos\u00edt\u00e1s\u00e1t teszik lehet\u0151v\u00e9 v\u00e9r-, vizelet-, vagy sz\u00e9klet-mint\u00e1kb\u00f3l. A prognosztikus biomarkerek a betegs\u00e9g v\u00e1rhat\u00f3 lefoly\u00e1s\u00e1t jelzik el\u0151re, vagyis az adott kezel\u00e9s eset\u00e9n v\u00e1rhat\u00f3 t\u00fal\u00e9l\u00e9st. A predikt\u00edv biomarkerek egy adott kezel\u00e9s eset\u00e9n a v\u00e1rhat\u00f3 ter\u00e1pi\u00e1s v\u00e1lasszal f\u00fcggenek \u00f6ssze, \u00e9s megmutatj\u00e1k, hogy ki milyen kezel\u00e9st kapjon. A kutat\u00e1s sor\u00e1n egy vagy t\u00f6bb g\u00e9nt tartalmaz\u00f3 biomarker-jel\u00f6ltek kifejleszt\u00e9se, \u00e9s klinikai mint\u00e1kban t\u00f6rt\u00e9n\u0151 kipr\u00f3b\u00e1l\u00e1sa a c\u00e9l.<\/p><\/div>\n

\u00a0<\/div>\n
A t\u00e9ma els\u0151sorban a klinikai kutat\u00e1s, m\u00e1sodsorban a bioinformatika ir\u00e1nt \u00e9rdekl\u0151d\u0151 hallgat\u00f3k sz\u00e1m\u00e1ra optim\u00e1lis.<\/div>\n
\u00a0<\/div>\n
T\u00e9mavezet\u0151: Prof. Dr. Gy\u0151rffy Bal\u00e1zs<\/a><\/p>\n
\n

\nNGS ki\u00e9rt\u00e9kel\u00e9s betegdiagnosztik\u00e1hoz <\/b><\/p>\n

\u00a0A k\u00f6vetkez\u0151 gener\u00e1ci\u00f3s szekven\u00e1l\u00e1s (NGS) lehet\u0151v\u00e9 teszi az \u00f6sszes g\u00e9n egyidej\u0171 vizsg\u00e1lat\u00e1t nukleinsav-szinten. Azonban a m\u00f3dszerek rendelkez\u00e9sre \u00e1ll\u00e1sa nem jelenti azt, hogy egy NGS m\u00e9r\u00e9s ut\u00e1n azonnal meg is tudjuk mondani a diagn\u00f3zist. Jelenleg nincsenek elfogadott protokollok, amelyek az adatok rutinszer\u0171 ki\u00e9rt\u00e9kel\u00e9s\u00e9t lehet\u0151 tenn\u00e9k. A kutat\u00e1s sor\u00e1n onkol\u00f3giai (ter\u00e1pi\u00e1s biomarkerek) \u00e9s genetikai feladatokhoz (\u00f6r\u00f6kl\u0151d\u0151 betegs\u00e9gek, prenat\u00e1lis diagnosztika) fejleszt\u00fcnk diagnosztikai alkalmaz\u00e1sokat. A kutat\u00e1s tartalmazza az NGS adatok feldolgoz\u00e1s\u00e1t, ki\u00e9rt\u00e9kel\u00e9s\u00e9t, interpret\u00e1l\u00e1s\u00e1t, valamint \u00faj algoritmusok kipr\u00f3b\u00e1l\u00e1s\u00e1t.<\/p><\/div>\n

\u00a0<\/div>\n
A t\u00e9ma els\u0151sorban a bioinformatika, programoz\u00e1s, \u00e9s klinikai kutat\u00e1s ir\u00e1nt \u00e9rdekl\u0151d\u0151 hallgat\u00f3k sz\u00e1m\u00e1ra optim\u00e1lis.<\/div>\n
\u00a0<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n
T\u00e9mavezet\u0151: Prof. Dr. Gy\u0151rffy Bal\u00e1zs<\/a><\/div>\n
\n
\n
\n
\n
\n
\n<\/div>\n
\n
\n

Diagnosztikai eszk\u00f6z\u00f6k fejleszt\u00e9se betegekt\u0151l sz\u00e1rmaz\u00f3 m\u00e9r\u00e9sek adatainak felhaszn\u00e1l\u00e1s\u00e1val<\/strong><\/p>\n

A k\u00fcl\u00f6nf\u00e9le tesztek, klinikai vizsg\u00e1latok sor\u00e1n hatalmas, ak\u00e1r t\u00f6bb sz\u00e1z param\u00e9tert tartalmaz\u00f3 heterog\u00e9n adathalmaz keletkezik minden p\u00e1ciensr\u0151l, melyekb\u0151l k\u00f6vetkeztetni lehet a klinikai kimenetre \u00e9s a betegek t\u00fal\u00e9l\u00e9s\u00e9re. Ezen adatok \u00e9rtelmez\u00e9se azonban m\u00e9ret\u00fckb\u0151l kifoly\u00f3lag nem rutinfeladat. A megfelel\u0151 bioinformatikai eszk\u00f6z\u00f6k azonban lehet\u0151v\u00e9 teszik ezen adatok diagnosztikai illetve prognosztikai c\u00e9l\u00fa kiakn\u00e1z\u00e1s\u00e1t. A kutat\u00e1s sor\u00e1n els\u0151sorban az onkol\u00f3gia ter\u00fclet\u00e9n v\u00e9gz\u00fcnk mesters\u00e9ges intelligencia alap\u00fa vizsg\u00e1latokat betegekb\u0151l sz\u00e1rmaz\u00f3 m\u00e9r\u00e9sek adatira t\u00e1maszkodva.<\/p>\n

A t\u00e9ma els\u0151sorban a bioinformatika \u00e9s a klinikai kutat\u00e1s ir\u00e1nt \u00e9rdekl\u0151d\u0151 hallgat\u00f3k sz\u00e1m\u00e1ra lehet \u00e9rdekes.\u00a0<\/p>\n

T\u00e9mavezet\u0151: Dr. Menyhart Ot\u00edlia\u00a0<\/a><\/p>\n

\n

Kromatin szint\u0171 g\u00e9nexpresszi\u00f3 szab\u00e1lyoz\u00e1s onkogenomikai vonatkoz\u00e1sai<\/strong><\/p>\n

Az elm\u00falt \u00e9vtized sor\u00e1n nagy mennyis\u00e9g\u0171 onkogenomikai adat v\u00e1lt nyilv\u00e1nosan el\u00e9rhet\u0151v\u00e9.Az adatok feldolgoz\u00e1sa folyamatos. A g\u00e9nexpresszi\u00f3 szab\u00e1lyoz\u00e1sban szerepet j\u00e1tsz\u00f3 kromatin szint\u0171 adatok feldolgoz\u00e1sa csak r\u00e9szben t\u00f6rt\u00e9nt meg.\u00a0 Ezen kromatin szint\u0171 g\u00e9nexpresszi\u00f3 szab\u00e1lyoz\u00f3 mechanizmusok alkalmasak onkoter\u00e1pi\u00e1s hasznos\u00edt\u00e1sra amit jelez, hogy sz\u00e1mos epigenetikai t\u00e1mad\u00e1spont\u00fa gy\u00f3gyszert m\u00e1r haszn\u00e1lnak daganatkezel\u00e9sekben.<\/p>\n

A kutat\u00e1s sor\u00e1n a kromatinszint\u0171 poszttranszl\u00e1ci\u00f3s m\u00f3dos\u00edt\u00e1sok onkodiagnosztikus \u00e9s onkoter\u00e1pi\u00e1s vonatkoz\u00e1sait c\u00e9lozzuk jobban megismerni.\u00a0<\/span><\/p>\n

T\u00e9mavezet\u0151: Dr. B\u00e1lint B\u00e1lint<\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

A Bioinformatika Tansz\u00e9ken meghirdetett PhD t\u00e9m\u00e1k Multi-omikai vizsg\u00e1latok onkol\u00f3gi\u00e1ban Egy adott minta eset\u00e9n az omikai adatok k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 szintje \u00e9rhet\u0151 el, mint a genomikai, transzkriptomikai, proteomikai, metabolomikai, stb. adatok. A tudom\u00e1nyos kutat\u00e1sokban ezen szinteket tipikusan egym\u00e1st\u00f3l f\u00fcggetlen\u00fcl vizsg\u00e1lj\u00e1k, pld egy feh\u00e9rje alap\u00fa biomarkert n\u00e9znek egy adott betegs\u00e9gben. A k\u00f3rlefoly\u00e1st jobban meg lehetne \u00e9rteni, illetve hat\u00e9konyabb ter\u00e1pi\u00e1t …<\/p>\n","protected":false},"author":101687,"featured_media":0,"parent":6505,"menu_order":3,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-6972","page","type-page","status-publish","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/6972","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/users\/101687"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=6972"}],"version-history":[{"count":12,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/6972\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":8905,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/6972\/revisions\/8905"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/6505"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=6972"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=6972"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=6972"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}