{"id":10139,"date":"2024-03-13T14:30:33","date_gmt":"2024-03-13T13:30:33","guid":{"rendered":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/?page_id=10139"},"modified":"2024-03-13T14:34:38","modified_gmt":"2024-03-13T13:34:38","slug":"transzmembran-feherjek-kolcsonhatasainak-vizsgalata-mesterseges-intelligencia-alkalmazasaval","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/kutatas\/phd\/transzmembran-feherjek-kolcsonhatasainak-vizsgalata-mesterseges-intelligencia-alkalmazasaval\/","title":{"rendered":"Transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k k\u00f6lcs\u00f6nhat\u00e1sainak vizsg\u00e1lata mesters\u00e9ges intelligencia alkalmaz\u00e1s\u00e1val"},"content":{"rendered":"<p class=\"Standard\" style=\"text-align: center\" align=\"center\"><span style=\"font-size: 18pt\"><b>Transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k k\u00f6lcs\u00f6nhat\u00e1sainak vizsg\u00e1lata mesters\u00e9ges intelligencia alkalmaz\u00e1s\u00e1val<\/b><\/span><\/p>\n<p align=\"center\">\u00a0<\/p>\n<p class=\"Standard\">A transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k az \u00e9l\u0151 szervezetek egyik legfontosabb r\u00e9sztvev\u0151i, a legk\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151bb biol\u00f3giai funkci\u00f3t val\u00f3s\u00edtanak meg az inform\u00e1ci\u00f3 tov\u00e1bb\u00edt\u00e1s\u00e1t\u00f3l az anyagcsere folyamatokon kereszt\u00fcl az energiatermel\u00e9sig. Az egyik legfontosabb c\u00e9lpontjai a gy\u00f3gyszereknek, amit j\u00f3l mutat az a t\u00e9ny, hogy a ma forgalomban lev\u0151 gy\u00f3gyszerek fele a transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9kkel k\u00f6lcs\u00f6n hatva \u00e9ri el hat\u00e1s\u00e1t. M\u0171k\u00f6d\u00e9s\u00fck sor\u00e1n m\u00e1s feh\u00e9rj\u00e9kkel statikus, \u00e1lland\u00f3 vagy tranziens, \u00e1tmeneti komplexet hoznak l\u00e9tre. Ezen feh\u00e9rje-feh\u00e9rje k\u00f6lcs\u00f6nhat\u00e1sok felt\u00e1r\u00e1sa egy \u00e9l\u0151 sejtben nagy seg\u00edts\u00e9get jelent a sejt molekul\u00e1ris szint\u0171 m\u0171k\u00f6d\u00e9s\u00e9nek meg\u00e9rt\u00e9s\u00e9hez \u00e9s \u00edgy a k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 betegs\u00e9gek molekul\u00e1ris mechanizmus\u00e1nak a felt\u00e1r\u00e1s\u00e1hoz, valamint \u00faj gy\u00f3gyszerc\u00e9lpontok tervez\u00e9s\u00e9hez.<\/p>\n<p class=\"Standard\">A transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k tulajdons\u00e1gainak, szerkezet\u00e9nek vizsg\u00e1lata rendk\u00edv\u00fcl neh\u00e9z \u00e9s k\u00f6lts\u00e9ges laborat\u00f3riumi eszk\u00f6z\u00f6kkel, ezen feh\u00e9rj\u00e9k inherens kett\u0151s tulajdons\u00e1gai miatt. B\u00e1r az elm\u00falt \u00e9vtizedben bek\u00f6vetkezett hatalmas fejl\u0151d\u00e9s a mesters\u00e9ges intelligencia matematikai modelljei ter\u00fclet\u00e9n hatalmas robban\u00e1st eredm\u00e9nyezett a feh\u00e9rjeszerkezet predikci\u00f3 ter\u00fclet\u00e9n is (l\u00e1sd pl AlphaFold2, AF2), a feh\u00e9rje komplexek \u00e9s tranziens feh\u00e9rje-feh\u00e9rje kapcsolatok elm\u00e9leti meghat\u00e1roz\u00e1sa m\u00e9g mindig kih\u00edv\u00e1st jelent a tud\u00f3sok sz\u00e1m\u00e1ra, k\u00fcl\u00f6n\u00f6sen a transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k ter\u00fclet\u00e9n. Ezek az elj\u00e1r\u00e1sok ugyanis nagyon nagy pontoss\u00e1ggal k\u00e9pesek modellezni globul\u00e1ris feh\u00e9rj\u00e9k monomer szerkezet\u00e9t, de ez a pontoss\u00e1g nagy m\u00e9rt\u00e9kben f\u00fcgg att\u00f3l, mennyi a tan\u00edt\u00e1s sor\u00e1n a rokon templ\u00e1t feh\u00e9rj\u00e9k sz\u00e1ma. \u00c9ppen ez\u00e9rt a metagenomok \u00e9s transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k eset\u00e9ben a becsl\u00e9s pontoss\u00e1ga nagym\u00e9rt\u00e9kben cs\u00f6kken. Tov\u00e1bb\u00e1 a transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k eset\u00e9ben a kett\u0151s lipid r\u00e9teg \u00e1ltal t\u00e1masztott t\u00e9rbeli megszor\u00edt\u00e1sokat sem veszik figyelembe az algoritmusok. Az AF2-multimer elj\u00e1r\u00e1s ugyan k\u00e9pes az oligomer feh\u00e9rj\u00e9k szerkezet\u00e9t modellezni, de itt a pontoss\u00e1g m\u00e9g kisebb.<\/p>\n<p class=\"Standard\">Doktori munka sor\u00e1n a kutat\u00f3csoportban m\u00e1r kifejlesztett algoritmusokat (Tmdet, Cctop) \u00e9s adatb\u00e1zisokat (TmAlphaFold, UniTmp) felhaszn\u00e1lva a hallgat\u00f3 feladata, hogy meghat\u00e1rozza a transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k eset\u00e9ben az AF2 \u00e1ltal alacsony pontoss\u00e1ggal, hib\u00e1san becs\u00fclt feh\u00e9rjecsal\u00e1dokat; m\u00f3dos\u00edtsa az AF2 elj\u00e1r\u00e1st oly m\u00f3don, hogy a kett\u0151s lipid r\u00e9teg \u00e1ltal t\u00e1masztott t\u00e9rbeli megszor\u00edt\u00e1sok be legyenek \u00e9p\u00edtve a modellbe; tov\u00e1bb\u00e1 l\u00e9trehozzon olyan, mesters\u00e9ges intelligenci\u00e1t felhaszn\u00e1l\u00f3 alkalmaz\u00e1st, amely k\u00e9pes a transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k oligomer \u00e1llapot\u00e1nak becsl\u00e9s\u00e9re \u00e9s oligomer feh\u00e9rj\u00e9k eset\u00e9ben a k\u00e9pz\u0151d\u0151 homo- \u00e9s hetero oligomer szerkezet\u00e9nek becsl\u00e9s\u00e9re, mind statikus komplexek, mind rendezetlen feh\u00e9rje r\u00e9gi\u00f3kban tal\u00e1lhat\u00f3 szekvenciamot\u00edvumok seg\u00edts\u00e9g\u00e9vel l\u00e9trej\u00f6v\u0151 tranzies k\u00f6lcs\u00f6nhat\u00e1sok eset\u00e9ben. Ez ut\u00f3bbi k\u00f6lcs\u00f6nhat\u00e1sokb\u00f3l n\u00e9h\u00e1ny \u00e9lettani szempontb\u00f3l vagy valamilyen betegs\u00e9g szempontj\u00e1b\u00f3l fontos esetet in vitro m\u00f3dszerekkel is valid\u00e1ln\u00e1. A doktori munka eredm\u00e9nyei mind a gy\u00f3gyszerkutat\u00e1sban, mind k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 betegs\u00e9gek gy\u00f3gy\u00edt\u00e1s\u00e1hoz ny\u00fajtanak majd igen fontos adatokat.<\/p>\n<p>T\u00e9mavezet\u0151: Dr. Tusn\u00e1dy G\u00e1bor<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k k\u00f6lcs\u00f6nhat\u00e1sainak vizsg\u00e1lata mesters\u00e9ges intelligencia alkalmaz\u00e1s\u00e1val \u00a0 A transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9k az \u00e9l\u0151 szervezetek egyik legfontosabb r\u00e9sztvev\u0151i, a legk\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151bb biol\u00f3giai funkci\u00f3t val\u00f3s\u00edtanak meg az inform\u00e1ci\u00f3 tov\u00e1bb\u00edt\u00e1s\u00e1t\u00f3l az anyagcsere folyamatokon kereszt\u00fcl az energiatermel\u00e9sig. Az egyik legfontosabb c\u00e9lpontjai a gy\u00f3gyszereknek, amit j\u00f3l mutat az a t\u00e9ny, hogy a ma forgalomban lev\u0151 gy\u00f3gyszerek fele a transzmembr\u00e1n feh\u00e9rj\u00e9kkel k\u00f6lcs\u00f6n &hellip;<\/p>\n","protected":false},"author":102018,"featured_media":0,"parent":6972,"menu_order":6,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-10139","page","type-page","status-publish","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/10139","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/users\/102018"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=10139"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/10139\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":10141,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/10139\/revisions\/10141"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/6972"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=10139"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=10139"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/semmelweis.hu\/bioinformatika\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=10139"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}