Az igazgatóság főbb feladatai:
- az Innovációs és Technológiai Minisztériuma által a Semmelweis Egyetem részére meghatározott keretszámok alapján egyetemi szintű költségvetés és beszámoló elkészítése,
- a külső, illetve az államháztartással szembeni kötelezettségek rendezése,
- kapcsolattartás az NAV, Társadalombiztosítási Igazgatóság, Központi Statisztikai Hivatal, Állami Számvevőszék, KEHI, az Országos Egészségbiztosítási Pénztár és a könyvvizsgáló cégek munkatársaival,
- a szállítói számlák kezelése, ellenőrzése és kifizetésük,
- vevő számlák rendezése,
- a ki nem egyenlített számlák behajtására történő intézkedések megtétele,
- az Innovációs Igazgatósággal történő szoros kapcsolattartás,
- az Egyetem elnyert pályázatainak kezelése, pénzügyi elszámolása (konzorciumok, OTKA, MTA, egyéb pályázatok, támogatások, alapítványok, stb.),
- az Egyetem gazdasági eseményeinek könyvelése, teljes pénzforgalmának, vagyonának, kis- és nagyértékű tárgyi eszközeinek, készleteinek nyilvántartása, illetve főkönyvi könyvelése,
- ÁFA és adóbevallások elkészítése,
- a számviteli bizonylatok megőrzése, irattározása.