A Semmelweis Egyetem Ellenőrzési Igazgatóság alapvető célja az Egyetem működésével és gazdálkodásával kapcsolatos belső ellenőrzések elvégzése, számot adni arról, hogy a vizsgált területek a pénzeszközökkel, vagyonnal szabályszerűen, szabályozottan, gazdaságosan, hatékonyan és eredményesen gazdálkodnak-e, a számviteli és bizonylati rendet betartják-e. A belső ellenőrzés feladatai közé tartozik a vizsgált folyamatokkal kapcsolatban megállapításokat, következtetéseket és javaslatokat megfogalmazni a kockázati tényezők, hiányosságok megszüntetése, a szabálytalanságok megelőzése, illetve feltárása érdekében.
A belső ellenőrzési tevékenység szabályrendszerét a nemzetközi és magyarországi belső ellenőrzési standardok, valamint a Belső Ellenőrzési Kézikönyv tartalmazzák.